Quando uma bomba terrorista destrói um prédio em Dallas, Texas, os agentes do FBI Fox Mulder (David Duchovny) e Dana Scully (Gillian Anderson) são arrastados para uma perigosa conspiração superando qualquer coisa que eles já tenham encontrado. com a duvidosa assistência de um médico paranóico (o vencedor de Oscar® Martin Landau), Mulder e Scully arriscam suas carreiras e suas vidas para perseguir um vírus mortal que pode ter origem extraterreste e destruir toda a vida na Terra. Sua busca pela verdade testará suas habilidades contra o misterioso Sindicato, homens poderosos que não se deterão por nada para manter seus segredos a salvo. Eles conduzem os agentes de uma caverna no Texas para os muros do FBI e, finalmente, para uma instalação secreta na Antártica, que guarda o maior de todos os segredos.