Jason Bourne (Matt Damon) é um homem sem memória que é encontrado em uma praia no Mar Mediterrêano, com o corpo crivado de balas. À beira da morte, Bourne é tratado por um médico aposentado que mora no local e consegue se recuperar. Ele passa então a tentar descobrir quem é ele, sabendo apenas seu nome e que um microfilme foi implantado cirurgicamente em sua perna sem que ele saiba o porquê. Bourne também possui diversas habilidades em auto-defesa e luta, sabendo falar várias línguas e desconfiando que passou por uma plástica no rosto. Até que, em meio à sua busca para desvendar seu passado, Bourne passa a ser perseguido por estranhos que desejam vê-lo morto.