Apesar do comandante James T. Kirk (William Shatner) ter derrotado Khan e Gênesis ter sido criado, estas vitórias tem um sabor amargo, pois Spock (Leonard Nimoy) está morto. Seu corpo foi colocado em uma cápsula, que foi parar em Gênesis. Além disto Leonard McCoy (DeForest Kelley), o médico da Enterprise, está se comportando de forma muito estranha. Repentinamente chega Sarek (Mark Lenard), o pai de Spock, que se mostra muito irritado com Kirk, pois não entende por qual razão ele mandou Spock para Gênesis, lhe negando um futuro. Kirk argumenta que não viu futuro algum, mas Sarek retruca dizendo que só o corpo de Spock estava morrendo e Kirk foi o último a vê-lo. Sarek acredita que Spock pediu para Kirk para ser mandado para o seu planeta natal, Vulcano. Sarek crê que Spock deu para Kirk o seu Katra, o seu espírito. Kirk afirma que Spock não fez nenhum pedido nos seus últimos momentos e Sarek por sua vez fala que Spock não teria feito isto abertamente, então Sarek pede se unir à mente de Kirk, para ler seus pensamentos. Para surpresa de Sarek, Spock não tinha unido sua mente com a de Kirk, pois os vulcanos fazem isto quando o fim do corpo está próximo. Sarek então pede desculpas e Kirk diz que estavam separados e não podiam se tocar. Sarek então fala que tudo que Spock sabia foi perdido, mas então Kirk admite a hipótese de Spock ter feito contato com outra pessoa e, examinando gravações da Enterprise, descobre que Spock uniu sua mente à de McCoy. Sarek então diz, que um está vivo e outro não, mas ambos sofrem. Para remediar esta situação, Kirk deve levar Spock e McCoy ao Monte Seleya em Vulcano, pois somente lá ambos encontrarão a paz. Fica necessário agora achar o corpo de Spock, para que carne e alma sejam reunidos em Vulcano. Kirk tenta primeiramente recuperar o comando da Enterprise, que é considerada uma nave obsoleta, pois pretende ir até Gênesis, onde está o corpo de Spock. Porém o alto comando veta a idéia, então Kirk finge se conformar mas na verdade planeja roubar a Enterprise, juntamente com a tripulação da nave, pois o importante é concretizar a missão, sem se importar com as conseqüências.