Há 40 anos, o poderoso Pokémon Celebi escapou por pouco de um caçador especializado em capturar e vender Pokémon raros. Ao lado de Sammy, um simpático e determinado garoto, Celebi usou seus poderes de viajar no tempo e se lançou ao presente. Ash, Pikachu e amigos encontram Sammy na floresta, ao lado de uma senhora que já conhecia do passado. Celebi, esgotado após usar todas as suas forças para a viagem, depende de Sammy, Ash e Pikachu. No entanto, eles encontram um inimigo muito mais avançado e perigoso do que o caçador. Este novo vilão tem uma Pokebola chamada "Bola negra", que transforma os Pokémons que captura em criaturas malignas e poderosas.