Há dez anos atrás, o chimpanzé Minkey e seu parceiro Mike Muggins (Chris Potter) eram considerados os maiores agentes secretos do mundo. No entanto, Mike se aposentou, depois da morte da esposa, para cuidar de sua pequena filha Amélia. O que ele não esperava é que a garota crescesse e se transformasse num verdadeiro gênio científico, a ponto de despertar o interesse do ambicioso Dr. Farley (Richard Kind). Raptada pelo maníaco, ela vai ser obrigada a ajudá-lo na criação de uma broca que, atingindo o núcleo da Terra, pode causar um imenso e destrutivo terremoto. Nesta hora, Mike só pode contar com a ajuda do amigo Minkey. E, de volta à ativa, a dupla vai aprontar todas para tentar salvar Amélia e, de quebra, o planeta inteiro.