È o ano de 1641, dois clãs ninjas, o da terra de Koga e o de Iga. Ambos são inimigos, mas têm acordado em não entrar em guerra um com o outro. Os herdeiros dos lideres de ambas vilas se apaixonam sem saber que um é inimigo do outro por causa das tradições dos clãs. Mas um trágico destino espera o casal, é lançada uma maldição sobre a existência das famílias que coloca as duas vilas uma contra a outra. Os melhores ninjas de Koga e Ida são escolhidos para lutar uns contra os outros e Gennosuke Albora, o casal apaixonado, é colocado frente a frente aos inimigos. Por séculos eles vivem em guerras da escuridão, com estranhos poderes e habilidades, vivem somente para batalha, eles são Shinobi.