Padre Greg (Linus Roache) é enviado para trabalhar em uma paróquia em Liverpool. Ele fica surpreso ao ver que seu novo superior, padre Matthew (Tom Wilkinson), não cumpre o celibato, mantendo um relacionamento com uma mulher. Este é apenas o primeiro fator que fará com que Greg entre em conflito e questione algumas regras da Igreja. Um segundo fator é a descoberta da própria homossexualidade, quando se apaixona por um rapaz (Robert Carlyle). Mas o que mais o tortura é quando uma menina de 14 anos lhe conta que sofre abusos por parte do pai, mas Greg está de mãos atadas pelo sigilo da confissão. Dividido entre sua vocação e sua sexualidade, entre as regras da Igreja e os problemas que testemunha, Greg teme ter sua fé abalada.