Na Black Friday, na cidade de Nova York, os bio-terroristas liberam uma cepa modificada da varíola chamada "Veneno Verde" em várias notas. Isso faz com que a doença se espalhe rapidamente e em pouco tempo a sociedade em Nova York entrou em colapso - resultando na ativação da Strategic Homeland Division. O foco principal da Divisão é manter a paz e restaurar a sociedade enquanto os cientistas do governo trabalham em uma cura. Múltiplas facções se levantam lutando para assumir o controle da cidade de Nova York, como presos fugitivos chamados Rikers, Cleaners que são trabalhadores do saneamento mobilizados tentando matar a doença por conta própria com fogo; e o Last Man Batallion - uma empresa militar privada inicialmente contratada por milionários de Wall Street que agora é composta por mercenários e alguns agentes da Divisão desonestos. A primeira onda de agentes da Divisão foi morta ou se tornou renegada ao se juntar a outras facções. Cabe à segunda onda garantir que a ordem seja restaurada.
